Kandidemiler, dünyadaki en önemli hasta bakımı ile ilişkili enfeksiyonlardan biridir. Candida türleri-nin türe özgü antifungal duyarlılık profillerinin olması nedeni ile kandidemili hastalarda enfeksiyon etke-ni türün belirlenmesi hastaların uygun tedavisi için gereklidir. Etken türün belirlenmesinde tanımlanma süresini kısaltmak için çeşitli yöntemler kullanılmaktadır. Fungal ID multipleks tandem polimeraz zincir reaksiyonu (MT-PCR) (AusDiagnostics, Avustralya), klinik örneklerden sık izole edilen maya ve küflerin tanımlanması için geliştirilmiş bir testtir. Çalışmamızda, Akdeniz Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratu-varında pozitif sinyal veren kan kültür şişelerinden maya morfolojisindeki mantarların tanımlanmasında Fungal ID MT-PCR testinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Aralık 2016-Aralık 2017 tarihleri arasında, Gram yaymasında maya hücresi saptanan, 92 ardışık hastadan alınan kan kültürü örnekleri, Fungal ID MT-PCR ve referans yöntemle test edilmiştir. Pozitif sinyal veren kan kültür şişelerinden Sabouraud deks-troz agar besiyerine pasaj yapılmış, morfolojik tanımlama yöntemleri (germ tüp testi ve corn meal Twe-en® 80 agar besiyerlerindeki morfolojik özellikleri vb.), BD Phoenix Yeast ID Panel (Becton Dickinson, Sparks, MD, Almanya) ve Bruker Biotyper “matrix-assisted laser desorption/ionization time-of- flight, mass spectrometry (MALDI-TOF MS)” (Bruker Daltonics, Almanya) sistemleri ile türler tanımlanmıştır. MALDI-TOF MS ile yapılan tanımlamalar referans yöntem olarak kabul edilmiştir. Referans yöntem ile izolatların 35’i Candida albicans, 17’si Candida glabrata, 13’ü Candida parapsilosis, 12’si Candida tropicalis, yedisi Candida krusei, ikisi Candida guilliermondii, ikisi Candida dubliniensis, ikisi Candida inconspicua, biri Candida kefyr ve biri Saprochaete capitata olarak tanımlanmıştır. Birden fazla maya türünün etken olduğu olgu bulunmamıştır. Morfolojik tanımlama yöntemleri ile izolatların %94.6’sının olası tanımı yapılmıştır. BD Phoenix Yeast ID Panel ile referans yöntem arasında uyumsuz sonuç saptanmamıştır. Fungal ID MT-PCR ile izolatların 33’ü C.albicans, 15’i C.glabrata, 13’ü C.parapsilosis, 11’i C.tropicalis, beşi C.krusei, ikisi C.guilliermondii, biri C.dubliniensis, biri C.kefyr ve 10’u Candida spp. olarak tanımlanmıştır. C.inconspicua ve S.capitata test panelinde yer almadığından, iki örnekte C.inconspicuaCandida spp. olarak tanımlanırken, bir örnekte S.capitata tanımlanamamıştır. Fungal ID MT-PCR ve referans yöntem arasındaki uyum, tür düzeyinde %88, cins düzeyinde ise %98.9 olarak bulunmuştur. C.krusei ve C.glabrata’nın saptanmasında Fungal ID MT-PCR testinin duyarlılığı sırasıyla %71.4 ve %88.2 olarak saptanmıştır. Fungal ID MT-PCR testi, cins düzeyinde tanımlamada yüksek performansa sahiptir, ancak tedavi yönetimi için önemli olan tür seviyesinde tanımlamada performansı orta düzeydedir. Fungal ID MT-PCR, Candida türlerinin erken saptanması için geleneksel tanımlama yöntemlerine ek test olarak kullanılabilir.
Candidemia is one of the most important health care-associated infections worldwide. Candida speci-es have species-specific antifungal susceptibility profiles and it has been shown that the identification of the Candida species is necessary for the appropriate treatment of the patients with candidemia. Various methods are used to shorten the identification time for the determination of the causative species. Fungal ID multiplex tandem polymerase chain reaction (MT-PCR) (AusDiagnostics, Australia) is a test developed to identify yeasts and molds isolated from clinical specimens. In this study, we aimed to evaluate the Fungal ID MT-PCR test (AusDiagnostics, Australia) for the identification ofthe yeasts from positive blood cultures in Akdeniz University Hospital Central Laboratory. Between December 2016 and December 2017, blood culture samples from 92 consecutive patients with yeast cells detected in Gram stained smears were tested by Fungal ID MT-PCR and the reference method. After the subculture of the positive signaling blood culture bottles to Sabouraud dextroz agar (SDA), the identification of the yeasts were performed by morphological identification methods (Germ tube test, Corn Meal Tween® 80 agar media, etc.), BD Phoenix Yeast ID Panel (Becton Dickinson, Sparks, MD) and Bruker Biotyper matrix-assisted laser desorption ionization-time of mass spectrometry (MALDI-TOF MS) (Bruker Daltonics, Germany) systems. Identification with MALDI-TOF MS have been accepted as the reference method. Thirty-five of the isola-tes were identified as Candida albicans, 17 were Candida glabrata, 13 were Candida parapsilosis, 12 were Candida tropicalis, seven were Candida krusei, two were Candida guilliermondii, two were Candida dub-liniensis, two were Candida inconspicua, one was Candida kefyr and one was Saprochaete capitata by the reference method. In our study, no blood culture sample yielded more than one yeast species. 94.6% of the strains were presumptively identified by the morphological identification methods. Discordant results were not detected between the BD Phoenix Yeast ID Panel and the reference method. Thirty-three of the isolates were identified as C.albicans, 15 were C.glabrata, 13 were C.parapsilosis, 11 were C.tropicalis, five were C.krusei, two were C.guilliermondii, one was C.dubliniensis, one was C.kefyr and 10 were Candida spp. by Fungal ID MT-PCR assay. Since C.inconspicua and S.capitata were not included in the test panel, C.inconspicua was identified as Candida spp. in two samples, while S.capitata could not be identified in one sample. Concordance between Fungal ID MT-PCR and the reference method were found to be 88% at the species level and 98.9% at the genus level. The sensitivity of the Fungal ID MT-PCR test in in the de-tection of C.krusei and C.glabrata was 71.4% and 88.2%, respectively. Fungal ID MT-PCR test has shown a high performance in the identification at the genus level, but the identification at the species level, which is important for the treatment management, was moderate. Fungal ID MT-PCR can be used as an adjunct test to the traditional identification methods for the early identification of the Candida species.
