Potato virus Y (PVY), biberde en fazla zarar oluşturan virüs türleri arasında yer almaktadır. PVY biber izolatları, pvr2- eIF4E lokusundaki, pvr21 ve pvr22 dayanıklılık genlerine sahip biber genotiplerinin verdikleri reaksiyonlara göre üç ayrı patotip altında sınıflandırılmaktadır. Bu çalışmada, Samsun ilinde biberde enfeksiyon oluşturan PVY patotiplerinin belirlenmesi amacıyla 2010 ve 2011 yıllarında toplam 1012 yaprak örneği toplanmış ve daha sonra örnekler, PVY’ye spesifik poliklonal antiserum kullanılarak DAS-ELISA yöntemi ile test edilmiştir. Test sonucunda, 2010 yılında alınan örneklerin%11.9’unun, 2011 yılında ise %5.8’inin PVY ile enfekteli olduğu belirlenmiştir. Çoğaltımı sağlanan 13 PVY izolatı, patotip ayrım setindeki bitkilere inokule edilmiştir. Bu bitkilerin reaksiyonlarına ve ELISA sonuçlarına göre izolatların 9’nun Patotip 0 (PVY-0)’a, 4’ünün ise Patotip 1 (PVY-1)’e ait olduğu saptanmıştır. Ayrıca PVY-0 ve PVY-1 patotiplerine ait ikişer izolatın kılıf protein (CP) gen bölgesinin nükleotid dizileri elde edilmiştir. Nükleotid BLAST analizi, PVY-0 patotipine ait SÇ-9 izolatı ve PVY- 1 patotipine ait SÇ-84 ve SÇ-87 nolu izolatların, Türkiye orjinli Tu12.3 biber izolatı ve İspanya orjinli LYE 84.2 domates izolatı ile genetik benzerlik (% 97-98) gösterdiğini; PVY-0 patotipine ait SB-63 nolu izolatın ise ABD ve Polonya’da patateste belirlenen NTN ırkına ait izolatlar ile % 99 benzer olduğunu ortaya koymuştur. Ayrıca uygulanan filogenetik analiz, SÇ-9, SÇ-84 ve SÇ-87 izolatlarının PVY’nin C grup izolatları ile, SB-63 izolatının ise N grubundaki izolatlar ile aynı grupta kümelendiğini göstermiştir
Potato virus Y (PVY) is one of the most devastating viruses on pepper. Pepper PVY isolates are classified into three pathotypes according to the reactions of pepper genotypes possessing the pvr21 and pvr22 resistance genes at the pvr2-elF4e locus. In this study, in order to determine PVY pathotypes infecting pepper in Samsun province, Turkey, a total of 1012 leaf samples were collected in 2010 and 2011, and these samples were tested by DAS-ELISA using virus-specific polyclonal antiserum. The percentages of PVY infections were found to be 11.9% in 2010 and %5.8 in 2011. Thirteen PVY isolates were propagated and inoculated to pepper differentials to discriminate the pathotypes of PVY. According to reactions of different pepper genotypes and ELISA, nine isolates were found to belong to pathotype 0 (PVY-0) and four isolates to pathotype 1 (PVY-1). The coat protein (CP) gene nucleotide and predicted amino acid sequences of four PVY isolates were obtained. Nucleotide BLAST analysis showed that SÇ-9 (PVY-0), SÇ-84 (PVY-1) and SÇ-87 (PVY-1) isolates had nucleotide sequence similarity (% 97-98) with Tu12.3 isolate from pepper in Turkey and LYE 84.2 isolate from tomato in Spain. In contrast, the isolate SB-63 (PVY-0) had the highest nucleotide identity (% 99) with the isolates belonging to potato NTN strain determined in USA and Poland. Phylogenetic analysis also showed that the pepper isolates SÇ-9, SÇ-84 and SÇ-87 were clustered with the group C isolates of PVY, while the isolate SB-63 was clustered with the group N isolates of PVY.
