Yabani kuşlardan izole edilen esherichia coli izolatlarının antibiyotik direnç patternlerinin ve genotiplerinin belirlenmesi


Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Mikrobiyoloji (Veteriner) Anabilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2022

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: NEJASH ABDELA AHMED

Danışman: Timur Gülhan

Özet:

Çağımızın artan küresel halk sağlığı tehditlerinden biri olan antibiyotik direncinin potansiyel olumsuz etkisini önlemek, direnç genlerinin rezervuarı dâhil olmak üzere direnç durumlarının düzenli olarak izlenmesini gerektirmektedir. Antibiyotik direncinin olası bir biyolojik göstergesi olan yabani kuşların, antimikrobiyal dirençli bakterilerin yayılmasında rol oynadıkları öne sürülmüştür. Bu tez çalışması martı (Larus armenicus) ve güvercin (Columba livia) kökenli 100 Escherichia coli izolatının Kirby-Bauer disk difüzyon metodu kullanılarak fenotipik antibiyotik direnç profili ve dirence sebep olan genlerin PCR ile moleküler araştırılması amacıyla yapıldı. Ayrıca izolatların genetik yakınlıkları RAPD-PCR ile belirlendi. Fenotipik antibiyotik duyarlılık testi sonucunda, izolatların %63’ünün (63/100) en az bir antibiyotiğe dirençli olduğu ve %29’unda (29/100) ise çoklu antibiyotik direnci olduğu tespit edildi. İzolatların tamamının sefalotine duyarlı olduğu, tetrasiklin (%52), kanamisin (%38), streptomisin (%37), ampisilin (%28), kloramfenikol (%21), trimetoprim/sulfametoksazol (%19), gentamisin (%13), enrofloksasin (%12) ve siprofloksasine (%12) dirençli olduğu belirlendi. İzolatların %66’sının tet(B), %63’ünün tet(A), %48’inin apha1, %34’ünün sul3, %26’sının sul2, %24’ünün strA/strB ve %16’sının ise sul1 genlerine sahip olduğu belirlendi. Ayrıca izolatların tet(C), qnr(A), qnr(B), qnr(s), aphA2, aadB ve aac(3) IV genlerine sahip olmadığı tespit edildi. İzolatların genetik çeşitliliği ile ilgili olarak, RAPD-PCR tabanlı dendrogramlar hem güvercin ve hem de martı kökenli izolatları %70 benzerlik eşik değeri temelinde 5 kümeye ayrıldı. Dendrogramın sonucunda, güvercin orijinli E.coli suşlarının %47-100, martı orijinli suşlarıın ise %40-100 oranında benzerlik gösterdiği belirlendi. Tez çalışması sonucunda, martı ve güvercinlerin genetik olarak benzerliği olan aynı zamanda çeşitli antibiyotiklere dirençli E. coli izolatlarını taşıdıkları ve dışkıları ile çevreyi kontamine ederek insan ve hayvan sağlığı için risk oluşturabileceği düşünülmektedir. Ayrıca yabani kuşlar, çevre, insan ve diğer konaklar arasındaki olası bulaşma paternlerinin belirlenmesi için “tek sağlık yaklaşımı” açışından izolatların genetik yakınlarının araştırıldığı büyük ölçekli epidemiyolojik çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.